Yeni Camiinin inşası, Sultan III. Murat’ın eşi Safiye Sultan’ın emir vermesinin ardından, 1597 senesi içerisinde temelleri atılıp başlanmıştır. Söz konusu bu cami 1665 senesi içerisinde IV. Mehmet’in annesi olarak tanınan Turhan Hatice Sultan tarafından büyük emeklerin yanı sıra yapılmış bağışlarla tamamlandıktan sonra ibadete açılmış bir durumdadır.
Döneme ait şehir silueti ile birlikte görselliğine de çok önemli katkılar sağlamayı başarmıştır. Mimarlardan Davut Ağa tarafından yapılmasına başlanmış olan, Mimarlardan Dalgıç Ahmet Ağa’nın taradından yapımı sürdürülen, lakin tam 66 seneden sonrasında Mimar başı olarak bilinen Mustafa Ağa tarafından tamamlanmış bir cami olarak bilinmektedir.
Caminin inşaatı sırasında, temel aşamalarında fazlasıyla çok bir seviyede su çıkmış olması, inşaat yapımı esnasında çeşitli sıkıntılara sebep olmuş durumdadır. Zemini daha da sağlam yapabilmek maksadıyla uç kısımlarına kurşun kuşaklar bağlanan kazıklar çakılmış ve üstlerine ise taş bloklar yerleştirilmiş bir durumdadır. Yapılmış olan bu işlemden dolayı, duvarlarla alakalı seviyeleri yerden fazlasıyla yüksekte yer almaktadır. Cami, 1660 senesi içerisinde gerçekleşen büyük İstanbul yangınından dolayı fazlasıyla büyük bir hasar görmüştür. Yangından hemen sonra hasar görmüş olan bu camii, Köprülü Mehmet Paşa’nın tavsiyede bulunmasından sonra yeniden gündeme alınarak onarım işlemlerine başlanmıştır.
Yeni Camii, İstanbul ilinde yer alan Fatih ilçesinin Eminönü semti içerisinde bulunuyor.
