Bizanslılarla alakalı resim sanatının son eserleri arasından fazlasıyla etkileyen örneklere sahip durumda bulunan kilise, İstanbul ilinin fethedilmesinden sonra uzun bir müddet daha kilise şeklinde kullanılmayı sürdürmüştür. 1511 senesi içerisinde Atik Ali Paşa girişimleriyle camiye döndürülmesi konusunda karar alınan bu kilise, uzun bir zaman boyunca da Atik Ali Paşa Camii şeklinde anılmıştır.
Kilisenin camiye döndürülmesi sırasında kilise içerisinde yer alan hiçbir tane fresk zarar görmemiş, yalnızca üstleri sıvayla kapatılmıştır. Bundan dolayı da 1948 senesi içerisinde başlamış olan restorasyon çalışmaları sayesinde bu söz konusu fresklere nerdeyse ilk gün yapıldıkları haliyle ulaşmak olanaklı olmuştur. Müze 1954 senesi içerisinde kapılarını ziyarete açmış ve o günlerden bu zamana kadar yerli ve yabancı pek çok kişinin anılarının arasında eşsiz bir yere sahip olmayı başarmıştır..
Söz konusu bu müze, hafta içiyle birlikte hafta sonunda ziyaret saatleri aynı durumdadır. Haftanın 7 gününde de açık durumda bulunan müze yaz döneminde 09:00 ile 19:00 saatleri arasında, kış döneminde ise :09 ile 16:30 saatleri arasında ziyarete açık bir durumdadır.
Müzeye giriş içinde 54 Türk Lirası tutarında bir ödeme yapmanız gereklidir. Eğer bir Müzekartınız varsa burayı bedava bir şekilde gezmeniz de olanaklı
Kariye Müzesi, İstanbul ili içerisinde Fatih ilçesine bağlı Edirnekapı semtinde yer almaktadır.